راهنمای ارسال مقاله و بارگذاری فایل‌ها برای ارسال مقاله به نشریه پژوهش‌های مابعدالطبیعی ابتدا باید در سامانه نشریه ثبت‌نام کنید. پس از ثبت نام، با نام کاربری و رمز عبور خود وارد سامانه شوید. از نوار بالای صفحه اصلی، دکمه‌ی ارسال مقاله را انتخاب کنید (از طریق منوی صفحه شخصی، در اواسط صفحه از گزینه‌ی فرم ارسال مقاله‌ی جدید هم می‌توانید استفاده کنید) در صفحه‌ی بازشده، ابتدا خلاصه‌ی راهنمای تنظیم مقاله را که در این بخش نمایش داده می‌شود مطالعه فرمایید و پس از آن در انتهای صفحه، روی گزینه‌ی «برای شروع مراحل اینجا را کلیک کنید» کلیک کنید. در صفحه‌ی بازشده، تمام موارد (تعداد نویسندگان، زبان مقاله، نوع مطالعه و موضوع مقاله) را تکمیل کنید و پس از آن روی گزینه‌ی تأیید و ادامه کلیک کنید. در این مرحله بعد از راهنمای تنظیم مقاله، نسبت به تکمیل جدول اطلاعات مقاله اقدام نمایید. ـ درج عنوان، چکیده، کلیدواژه‌های فارسی؛ عنوان، چکیده و کلیدواژه‌های انگلیسی ـ تکمیل اسامی نویسندگان (درج تمام اطلاعات نویسندگان، نام و نام خانوادگی، مرتبه‌ی علمی، وابستگی سازمانی، تلفن همراه، ایمیل سازمانی الزامی است) به ترتیب اولویت (لطفاً به ترتیب اولویت نویسندگان و نویسنده مسئول توجه داشته باشید تا در صورت پذیرش مقاله و صدور گواهی پذیرش و انتشار مقاله دچار مشکل نشوید) ـ پس از تکمیل اسامی باید فایل‌های مقاله بارگذاری شوند: فایل اول: فایل اصلی مقاله (که شامل گواهی مشابهت‌یابی، فرم تعهدنامه و تعارض منافع، عنوان، اطلاعات کامل نویسندگان به ترتیب اولویت، چکیده‌ی فارسی، کلیدواژه‌ها، متن اصلی مقاله، منابع فارسی و انگلیسی و چکیده‌ی انگلیسی مقاله است) فایل دوم: فایل بدون نام نویسندگان (که شامل عنوان، چکیده، کلیدواژه‌ها، متن اصلی مقاله و منابع فارسی است) ـ بعد از بارگذاری فایل‌ها سه کادر انتهای  صفحه را تیک بزنید و بعد از آن روی گزینه‌ی تأیید و ادامه کلیک کنید. ـ در صفحه جدید گزینه‌ی ادامه: بررسی و تأیید نهایی را انتخاب کنید. ـ در این صفحه به پرونده مقاله و ویرایش و تغییر فایل دسترسی دارید. در صورتی که نیاز به درج توضیحات ضمیمه دارید روی گزینه پرونده مقاله کلیک کنید و در اواخر صفحه نسبت به درج توضیحات خود اقدام فرمایید. و در صورتی که نیاز به اصلاح اطلاعات مقاله دارید روی گزینه ویرایش و تغییر فایل کلیک کنید، در این صفحه می‌توانید نسبت به ویرایش اطلاعات اقدام فرمایید. پس از اینکه تمام موارد را بررسی کردید و از صحت آن اطمینان حاصل کردید روی گزینه «لطفاً بعد از بررسی نهایی مقاله، برای تأیید این مقاله و آغاز مراحل بررسی آن، اینجا را کلیک کنید» کلیک کنید تا ارسال نهایی مقاله انجام شود، در این مرحله یک ایمیل تأیید برای شما ارسال می‌شود و مقاله در دستور کار نشریه قرار خواهد گرفت.​​​​